Air secara alamiah tidak pernah dijumpai dalam keadaan betul -betul murni. Ketika air mengembun diudara dan jatuh dipermukaan bumi, air tersebut telah menyerap debu atau melarutkan oksigen, karbin diokasida dan berbagai jenis gas lainnya. Kemudian air tersebut, baik yang diatas maupun dibawah permukaan tanah waktu mengalir menuju ke berbagai tempat yang lebih rendah letaknya, melarutkan berbagai jenis batuan yang dilaluinya atau zat - zat organik lainnya.
Selain itu sejumlah kecil hasil uraian zat organik seperti nitrat, nitrit, amoniak dan karbon dioksida akan larut kedalamnya. Oleh karena itu terdapat kesukaran dalam menjelaskan sifat - sifat kimia dari perairan (system akuatik secara alamiah).
Sebagai suatu sistem yang terbuka perairan mempunyai berbagai variable input dan output dari energi dan materi. Maka dari itu gambaran yang tepat dari sifat - sifat kimia perairan didasarkan alkalinitas / asiditas, kelarutan, konstanta pembentukan kompleks, potensial redoks, dan pH.
Kondisi perairan sangat menentukan kelimpahan dan penyebaran organisme di dalamnya, akan tetapi setiap organisme memiliki kebutuhan dan preferensi lingkungan yang berbeda untuk hidup yang terkait dengan karakteristik lingkungannya. Nikolsky (1963) menyatakan bahwa setidaknya ada tiga alasan utama bagi ikan untuk memilih tempat hidup yaitu 1) yang sesuai dengan kondisi tubuhnya, 2) sumber makanan yang banyak, 3) cocok untuk perkembangbiakan dan pemijahan.
