Air permukaan terutama terdapat dalam bentuk aliran sungai, danau, dan waduk/kolam. Danau dapat diklasifikasikan sebagai oligotropik, eutropik, atau dystropik. Danau Oligotropik adalah danau yang relatif muda. Danau ini dalam dan berair jernih, kurang mengandung zat hara akibatnya kurang produktif untuk aktifitas biologis. Danau Eutropik lebih banyak mengandung zat hara sehingga airnya agak keruh dan lebih dapat menunjang kehidupan aquatik. Danau ini umurnya relatif lebih tua dibanding Oligotropik. Danau yang umurnya lebih tua diklasifikasikan sebagai danau Dystropik. Danau ini dangkal, dipenuhi dengan tumbuhan air dan biasanya airnya berwarna serta mempunyai pH yang rendah.Aliran sungai diklasifikasikan dalam empat tahapan, yaitu stadium lahir, muda, dewasa dan umur tua. Pada stadium lahir belum terjadi proses erosi pada sungai. Air tanah berperan penting dalam stadium ini sehingga kalau musim kemarau sungai muda masih didukung oleh aliran air tanah tetapi aliran sungai berjalan secara kontinu. Sungai stadium dewasa, air sungai umumnya bersih dan lebih dalam dibanding sungai muda sedangkan sungai tua lebih dalam lagi telah hampir mencapai tingkat dasar geologinya,
Ada hubungan antara suhu dengan bobot jenis air. Hubungan khas ini menyebabkan pembentukan lapisan - lapisan yang berbeda dalam badan air, terutama air danau.Selama musim panas lapisan permukaan danau atau epilimnion dipanaskan oleh radiasi matahari, sehingga bobotnya lebih kecil. Lapisan ini mengapung diatas lapisan dasar atau hypolimnion. Lapisan diantaranya disebut thermoclyne. Fenomena ini disebut strasifikasi tremal. Ketika terjadi perbedaan suhu antara dua lapisan, air tidak tercampur dan memiliki sifat - sifat kimia dan biologi yang berbeda.
Lapisan epilimnion yang mendapat sinar matahari langsung menyebabkan ganggang tumbuh amat subur. Dari hasil fotosintesis, epilimnion mengandung oksigen terlarut (DO) yang relative lebih tinggi dibandingkan dengan lapisan lainnya, pada umumnya bersifat aerobic. Di hypolimnion, bahan - bahan organik mudah diuraikan oleh bakteri - bakteri pegurai yang menyebabkan air dilapisan ini kekurangan oksigen sehingga bersifat anaerobic. Dengan demikian, jenis - jenis zat kimia di lapisan ini secara dominant terdapat dalam bentuk reduksi.
Selama musim gugur, suhu epilimnion dingin. Pada saat suhu epilimnion dan hypolimnion sama, seluruh badan air mempunyai suhu yang tidak berbeda. hilangnya spesifikasi termal ini menyebabkan badan air mempunyai satu satuan hidrologi dan proses pencampuran yang terjadi dikenal sebagai peristiwa pembalikan (turn-over). Selama peristiwa pembalikan, sifat - sifat fisika dan kimia badan air menjadi lebih seragam. Aktivitas biologis dapat meningkat yang diakibatkan oleh pencampuran zat - zat hara yang lebih sempurna.
Tipe lain dari badan air adalah esturia. Esturia dibentuk oleh pertemuan aliran air tawar ke dalam air asin (air laut) sehingga badan air ini mempunyai sifat - sifat kimia dan biologi yang unik. Esturia merupakan daerah tempat berkembang biaknya kebanyakan dari kehidupan laut yang membuat kelestarian menjadi sangat penting bagi makhluk - makhluk tersebut. Sifat - sifat kimia dan biologi dari lautan juga sangat unik disebabkan oleh kedalaman air yang cukup tinggi, kadar garam juga yang tinggi dan faktor - faktor lainnya. Akhir - akhir ini masalah lingkungan dari lautan meningkat cukup tajam yang disebabkan proses dumping dari berbagai bahan pencemar, tumpahan minyak/bahan bakar dan meningkatnya eksploitasi sumber daya alam yang terdapat di laut.
