Salah satu sasaran program lingkungan sehat adalah meningkatkan persentase tempat-tempat umum yang memenuhi syarat kesehatan (Depkes.2006), salah satunya adalah sanitasi pondok pesantren. Pondok pesantren sebagai salah satu tempat pendidikan di Indonesia saat ini berjumlah kurang lebih 40.000 dan 80% diantaranya masih rawan dalam penyediaan air bersih dan sanitasi lingkungan. Sehingga penyakit menular berbasis lingkungan dan perilaku masih merupakan masalah kesehatan masyarakat yang dapat ditemukan di pondok pesantren. Hasil penelitian Herryanto, 2004 mengenai Higiene Sanitasi pondok pesantren di Kabupaten Tangerang tahun 2004, didapatkan angka kejadian penyakit: TB paru klinis (1,3%), ISPA (44,1%), diare (10,5%), scabies (12,3%), Tinea versicolor (4,0%), Tinea cruris (16,0%), dermatitis lain (18,5%), Morbus Hansen (Leprae) 0,6% .
Hal diatas didukung dengan penelitian Supriyadi (2004) yang meneliti perbedaan sanitasi lingkungan dan hygiene perorangan terhadap kejadian skabies di pondok pesantren Assalam dan Darul Falah Kabupaten Temanggung menyimpulkan bahwa 76 pondok pesantren di Kabupaten Temanggung semuanya tidak lepas dari masalah penyakit kulit skabies (gudik). Sebagian besar diakibatkan karena kondisi sanitasi lingkungan (kondisi fisik air) yang kurang memadai serta hygiene perorangan yang buruk.
Air sangat vital bagi kegiatan santri, karena di samping digunakan untuk keperluan sehari-hari seperti mandi, memasak dan mencuci, juga digunakan untuk berwudhu setiap akan menjalankan sholat dan keperluan ibadah yang lain. Secara umum air sumur di pondok pesantren sangat beresiko terjadi pencemaran mikrobiologis maupun pencemaran kimia.
Pesantren atau Pondok Pesantren (biasanya juga disebut pondok saja) adalah sekolah Islam berasrama (Islamic boarding school). Para pelajar pesantren (disebut sebagai santri) belajar pada sekolah ini, sekaligus tinggal pada asrama yang disediakan oleh pesantren. Biasanya pesantren dipimpin oleh seorang kyai. Untuk mengatur kehidupan pondok pesantren, kyai menunjuk seorang santri senior untuk mengatur adik-adik kelasnya, mereka biasanya disebut Lurah Pondok (Roffiq, 2005).
Pendidikan di dalam pesantren bertujuan untuk memperdalam pengetahuan tentang al-Qur'an dan Sunnah Rasul, dengan mempelajari bahasa Arab dan kaidah-kaidah tata bahasa bahasa Arab. Istilah Pondok sendiri berasal dari Bahasa Arab (فندوق, funduuq), sementara istilah Pesantren berasal dari kata pe-santri-an. Pesantren adalah sekolah pendidikan umum yang persentase ajarannya lebih banyak ilmu-ilmu pendidikan agama Islam daripada ilmu umum. Sekolah–sekolah di lingkungan podok pesantren sering di sebut madrasah. Untuk tingkat taman kanak-kanak disebut madrasah diniyah, untuk tingkat sekolah dasar (primary/elementary school) disebut Madrasah Ibtida’iyah, tingkat sekolah menengah pertama (SMP) disebut Madrasah tsanawiyah, dan untuk se-tingkat SMA disebut Madrasah aliyah (Ngatidjo, 2007).
Secara umum pondok pesantren yang berkembang dalam masyarakat memiliki 3 (tiga) pola pendidikan yaitu:
- Pondok pesantren tradisional: Pesantren yang hanya mengajarkan ilmu agama Islam saja umumnya disebut pesantren salafi. Pola tradisional yang diterapkan dalam pesantren salafi adalah para santri bekerja untuk kyai mereka, bisa dengan mencangkul sawah, mengurusi empang (kolam ikan), dan lain sebagainya, dan sebagai balasannya mereka diajari ilmu agama oleh kyai mereka tersebut. Sebagian besar pesantren salafi menyediakan asrama sebagai tempat tinggal para santrinya dengan membebankan biaya yang rendah. Pondok pesantren ini mengajarkan kitab-kitab yang ditulis oleh ulama abad XV dengan menggunakan bahasa arab, misalnya kitab kuning. Pola pengajarannya dengan mengunakan sistem “halaqoh” yang dilaksanakan di masjid.
- Pondok pesantren Modern merupakan pengembangan dari tipe pesantren tradisional dalam bentuk madrasah atau sekolah yang berlaku secara nasional. Santri ada yang menginap dan tidak, tetapi tempat tinggalnya tidak jauh dari pondok pesantren. Contohnya: Pondok Pesantren Modern Darussalam Gontor.
- Pondok Pesantren Komprehensif: Pondok pesantren komprehensif merupakan sistem pendidikan dan pengajaran gabungan antara tradisional dan modern dengan metode perorangan (individu).
