Kondisi air merupakan indikator tata ruang suatu wilayah, baik dari soal intensitas penyebab banjir dan kekeringan, maupun dari kualitasnya yang mengandung polutan atau sedimen. Dan indikator ini hampir semua wilayah di Indonesia menunjukkan ada persoalan tata ruang. Itulah kesan benang merah Workshop Nasional Penataan Ruang Berbasis Sumberdaya Alam dan Mitigasi Bencana yang diselenggarakan oleh Pusat Penelitian Geoteknologi LIPI di Bandung. Intensitas dan kualitas air melalui sungai dapat diukur secara ilmiah.Persoalan tata ruang dapat diketahi dan untuk membenahinya dapat dikembangkan dalam berbagai skenario. Hasil penelitian intensitas maupun kualitas air di Sungai Ciliwung dan Mahakam dikaitkan dengan persoalan tata ruang. Dan intensitas air Ciliwung dapat diketahui setelah memasuki wilayah Jakarta, terjadi peningkatan debit secara tajam. Peningkatan intensitas dianalisis dan menunjukkan telah terjadi kesalahan tata ruang di Jakarta yang tidak berhasil menyisakan area tangkapan hujan maupun sistem pemanfaatan kembali air domestik.
Dari sungai Mahakam berdasarkan analisis intensitas dan kualitas sedimennya digunakan untuk mengetahui persoalan tata ruang di sana. Eksploitasi batubara terus meningkat sehingga area tangkapan hujan menurun dan erosi meningkat. Jadi persoalan tata ruang yang amburadul dapat diketahui dari kondisi air sungai di masing - masing wilayah. Keadaan itu terjadi di Kabupaten Belu, karena persoalan tata ruang hulu di wilayah kabupaten lain yang tidak menyisakan area tangkapan hujan. Pengalihan fungsi lahan gambut menimbulkan banjir. Kepentingan ekonomi mengalahkan kepentingan lingkungan. Pembenahan tara ruang dengan kondisi lingkungan yang semakin rusak mutlak dilakukan. LIPI dapat dimintai bantuan kerjasama soal pembenahan tata ruang.
Berbagai bencana alam telah mengakibatkan ribuan kurban meninggal serta terjadinnya banyak kerusakan lingkungan. Di tepi pantai laut terjadi hantaman gelombang laut. Untuk itu warga di sekitar pantai bersama - sama menanam tanaman bakau. Tanaman bakau dimaksudkan agar gelombang dapat dihalau beribu bibit tanaman bakau disediakan. Sekitar 2,7 juta hektar yang harus mendapat perhatian pemerintah. Inisiatif diperlukan agar biota laut juga terselamatkan. Pelaku industri di Jakarta banyak yang belum melaporkan hasil pengolahan limbah cairnya. Tahun 2008 dari 100 lebih pengusaha di pantai Jakarta Utara baru 37 yang sudah bekerjasama.
Pengelola Lingkungan Hidup Daerah mengungkapkan setiap perusahaan menyerahkan contoh limbah cair tiga sebulan sekali. Kenyataan banyak yang tidak melakukan. Untuk perusahaan di pantai utara, 43 industri menyatakan kesediaan bekerjasama. Bentuk perjanjian berisi tentang enam pengolahan limbah, antara lain limbah cair domestik, limbah padat biasa, limbah padat bahan berbahaya, dan limbah padat dari cerobong serta kendaraan. Ukuran penilaian air limbah, misalnya ukuran zat yang mengendap di sungai, BOD, COD, dan zat organik. Sanksinya berupa administratif, yakni menutup lokasi pengolahan air limbahnya,
